第十六章 GCCGCCAGTTCC
傍晚,他被接二连三的电话吵醒。三家测序公司全都散发着大号拖延症的气质,像是约好了一样,在承诺时效的前一天晚上才和他沟通。
沟通的内容无非就是怀疑样本被污染了,所以提前声明不对测序结果的解读负责。
卢赫见怪不怪地一顿“嗯嗯啊啊好好好”迅速把他们都给打发了,随后邮箱被测序报告塞满。
他从床上爬起来,穿戴整齐,甚至用梳子蘸水梳了头发。
随后他郑重地走下楼,走进细胞间,一屁股坐在电脑前,伸手去手捞椅背,把正在忙碌的菜菜一把拽了过来。
“歇会儿歇会儿,陪我吃瓜。”
这次他们率先打开了基因组原始数据。基准30亿个碱基对,有效分析了30亿个碱基对。gc含量57%。
怎么还是这么高?
两人的脑袋凑在一起,紧盯着屏幕上缓缓滑过的密密麻麻的字符。这次依然是满屏的红和绿,但红多绿少。
“停!”菜菜指着刚掠过的一段字符惊呼,“你看这段,gccgccagttcc,这不是终止子吗?”
卢赫定睛一看,“是啊,这是转录终止修饰点,而且是依赖rho因子[1]的的转录终止。”
“终止,好多终止,全是终止!”菜菜又一次惊呼,“停!这段,gc区[2]下游怎么没有tata区[3]啊。我只知道组蛋白可以没有gc区,这没有tata区的是什么鬼啊?”
鼠标继续翻动,两人逐渐陷入沉默。
许久之后,卢赫打破了这死寂的气氛,但从他嘴里说出的并不是菜菜所期待的正经话。
“真是离谱他妈给离谱开门,离谱到家了。”他边感慨边点开了刚刚下载好的线粒体基因,在软件加载期间合了好几下眼。
软件加载完成,线粒体基因没有太多注释,可翻了几下后,两人还是犹如半截木头般僵在那里。从地下室天窗投射出的一缕橙红色的阳光,缓缓从卢赫的脸上掠过,他连眼睛都没眨一下。
渐渐的,天色完全暗下来,电脑屏幕上反射出天花板上白炽灯管的轮廓,正好遮挡住屏幕的正中央。
“ggagggcgaggctccgtcctagccttg。。。”卢赫偏了偏头,默念着其中的一段碱基序列,重启电脑进了linux,然后在命令行下快速敲击。
一顿操作下来,他揉着脖子对着黑色背景下一格一格往前爬的亮白色进度条沉思。一旁的菜菜眯着眼睛念出命令行中的小字:“crispr。。。cas。。。finder?你不会真以为他会有crispr系统吧?这太荒诞了。”
卢赫揉乱了自己的头发,“葫芦上藤上结南瓜。咱们搞研究的,总得有点儿想象力吧。”
不一会儿,软件装好了。他在命令行敲出一大行命令:
按下回车键后,藏在桌子背面的大机箱嗡嗡地运转了起来。
“法国人搞出来的开源软件,能预测crispr序列和cas的位置。他究竟是不是大细菌,是什么样的大细菌,等会儿一目了然。”
他说完戳了戳还在发愣的菜菜,“喂,怎么还僵着呢。你对新事物的接受能力完全不行啊。看来老呆在这儿干体力活也不行,回头你每周给我做两次文献汇报吧。记得看最新的,保准跟科幻小说一样给你看得一愣一愣的。”
进度条一点一点往前走,即将100%。菜菜目不转睛神色紧张,好像那些闪烁跳跃的格子是追在她身后的怪物,“你别说话了,我紧张,万一他是外星人怎么办?”
“哈哈。”卢赫笑出声来,“你可真是太保守了,你应该这样想:万一他不是人怎么办?你之前不是说他是大细菌吗?”
正说着,软件运行完毕,一个本地网页自动弹了出来。
confirmedcrisprs:
卢赫稍加浏览,连连赞叹,“啧啧啧,31个,还不少呢。”
身边的菜菜突然起身,摘掉手套,从-20冰箱里掏出一个带冰渣的饭团,扔到了微波炉里。一分钟后,细胞间里渐渐弥漫着蛋黄酱的香气。
她打开微波炉,拿出热好的饭团一屁股坐回电脑前,从抽屉里抽出一张纸,包着饭团,旁若无人地径直往嘴边送。
卢赫在一旁惊地说不出话来。
吃下一大口后,菜菜嘴角带着饭粒含糊不清地说:“我脑子转不动,我饿了,我缺葡萄糖,我心没你大,我接受不了。”
卢赫看着面前腮帮鼓鼓囊囊的小仓鼠,不忍责怪。但他也没轻易放过她,而是怀着恶趣味幽幽开口:“你知道线粒体夏娃吗?”
对方连连摇头,“我只知道y染色体亚当。”
“差不多是一个意思。在人类精卵细胞融合时,只有卵细胞中的线粒体被保留,因此线粒体基因是母系遗传。线粒体夏娃在进化学中被认为是人类的共同母系祖先,即现在所有人的线粒体基因都来自于她的线粒体。”
“假设,初始种群中有100个女性,或者说是有100个不同的线粒体基因组并且种群数量保持恒定。如果它们在功能上没有差别,不造成其它的自然选择压力,那么理论上在200代之后,最初100个不同线粒体中只有一个就会扩散到整个种群中,其余的全部丢失。这个独一无二的线粒体的主人,就是线粒体夏娃。”
“线粒体基因是十分稳定的,每隔600代才能产生具有种群意义的突变。目前,不同种族之间线粒体基因组的差异仅为0.32%。通过追溯不同人种线粒体dna突变前的原型,线粒体夏娃被锁定为20万年前的非洲人。”
卢赫说完,静静期待着菜菜的反应。可对方只是不以为然地啃了一口饭团,“所以呢?你是想说不论我肤色多白手气多好,都跟你一样是非洲人?”
“你个死脑筋啊。”卢赫点了点自己的太阳穴,“想想,用这儿想想。人类的线粒体都遗传自同一位祖先,海昼天的和普通人的不一样,这意味着什么?”
“意味着他不是非洲人?他在20万年前就和咱们不是一个物种了!”菜菜恍然大悟道。
卢赫欣慰地点了点头,“还有,你知道线粒体是怎样诞生的吗?”
“你不会是想提内共生假说吧?”菜菜停止了咀嚼,用纸巾抹掉了嘴角的蛋黄酱。
“没错,你终于上道了。具有氧化磷酸化功能的古细菌,被早期的真核细胞吞噬后,二者形成共生关系。古细菌被困在真核细胞内,逐渐演化成为了线粒体。”
卢赫又点了点自己的太阳穴,“你品,你细品,是不是细思恐极,还吃得下去吗?”
菜菜放下了吃得只剩一口的饭团,取下头套,揉乱了自己的头发,“我头痒,我可能要长脑子了。你的意思难道是,早在15亿年前,海昼天就和我们不是一个祖先了,他的祖先吞噬了已演化出crispr功能的大细菌,并且把这个功能保留了下来?”
卢赫点了点头,“孺子可教也。但这只是其中一种可能,另外一种可能是:他被编辑过。”
[1]依赖rho因子的的转录终止:rho因子是一种大分子蛋白,可结合在新生的rna链上,借助水解atp获得能量推动自身沿着rna链移动,但移动速度比rna聚合酶慢。当rna聚合酶遇到终止子时便发生暂停,rho因子得以赶上酶。rho因子与rna聚合酶相互作用,使rna、rna聚合酶与自身一起从dna上释放下来,以防占着茅坑不拉屎。
[2]gc区:控制转录起始的频率,基本不参与转录起始位点的确定。
[3]tata区:确定转录起始位点,使转录能够精准地开始与结束。
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沟通的内容无非就是怀疑样本被污染了,所以提前声明不对测序结果的解读负责。
卢赫见怪不怪地一顿“嗯嗯啊啊好好好”迅速把他们都给打发了,随后邮箱被测序报告塞满。
他从床上爬起来,穿戴整齐,甚至用梳子蘸水梳了头发。
随后他郑重地走下楼,走进细胞间,一屁股坐在电脑前,伸手去手捞椅背,把正在忙碌的菜菜一把拽了过来。
“歇会儿歇会儿,陪我吃瓜。”
这次他们率先打开了基因组原始数据。基准30亿个碱基对,有效分析了30亿个碱基对。gc含量57%。
怎么还是这么高?
两人的脑袋凑在一起,紧盯着屏幕上缓缓滑过的密密麻麻的字符。这次依然是满屏的红和绿,但红多绿少。
“停!”菜菜指着刚掠过的一段字符惊呼,“你看这段,gccgccagttcc,这不是终止子吗?”
卢赫定睛一看,“是啊,这是转录终止修饰点,而且是依赖rho因子[1]的的转录终止。”
“终止,好多终止,全是终止!”菜菜又一次惊呼,“停!这段,gc区[2]下游怎么没有tata区[3]啊。我只知道组蛋白可以没有gc区,这没有tata区的是什么鬼啊?”
鼠标继续翻动,两人逐渐陷入沉默。
许久之后,卢赫打破了这死寂的气氛,但从他嘴里说出的并不是菜菜所期待的正经话。
“真是离谱他妈给离谱开门,离谱到家了。”他边感慨边点开了刚刚下载好的线粒体基因,在软件加载期间合了好几下眼。
软件加载完成,线粒体基因没有太多注释,可翻了几下后,两人还是犹如半截木头般僵在那里。从地下室天窗投射出的一缕橙红色的阳光,缓缓从卢赫的脸上掠过,他连眼睛都没眨一下。
渐渐的,天色完全暗下来,电脑屏幕上反射出天花板上白炽灯管的轮廓,正好遮挡住屏幕的正中央。
“ggagggcgaggctccgtcctagccttg。。。”卢赫偏了偏头,默念着其中的一段碱基序列,重启电脑进了linux,然后在命令行下快速敲击。
一顿操作下来,他揉着脖子对着黑色背景下一格一格往前爬的亮白色进度条沉思。一旁的菜菜眯着眼睛念出命令行中的小字:“crispr。。。cas。。。finder?你不会真以为他会有crispr系统吧?这太荒诞了。”
卢赫揉乱了自己的头发,“葫芦上藤上结南瓜。咱们搞研究的,总得有点儿想象力吧。”
不一会儿,软件装好了。他在命令行敲出一大行命令:
按下回车键后,藏在桌子背面的大机箱嗡嗡地运转了起来。
“法国人搞出来的开源软件,能预测crispr序列和cas的位置。他究竟是不是大细菌,是什么样的大细菌,等会儿一目了然。”
他说完戳了戳还在发愣的菜菜,“喂,怎么还僵着呢。你对新事物的接受能力完全不行啊。看来老呆在这儿干体力活也不行,回头你每周给我做两次文献汇报吧。记得看最新的,保准跟科幻小说一样给你看得一愣一愣的。”
进度条一点一点往前走,即将100%。菜菜目不转睛神色紧张,好像那些闪烁跳跃的格子是追在她身后的怪物,“你别说话了,我紧张,万一他是外星人怎么办?”
“哈哈。”卢赫笑出声来,“你可真是太保守了,你应该这样想:万一他不是人怎么办?你之前不是说他是大细菌吗?”
正说着,软件运行完毕,一个本地网页自动弹了出来。
confirmedcrisprs:
卢赫稍加浏览,连连赞叹,“啧啧啧,31个,还不少呢。”
身边的菜菜突然起身,摘掉手套,从-20冰箱里掏出一个带冰渣的饭团,扔到了微波炉里。一分钟后,细胞间里渐渐弥漫着蛋黄酱的香气。
她打开微波炉,拿出热好的饭团一屁股坐回电脑前,从抽屉里抽出一张纸,包着饭团,旁若无人地径直往嘴边送。
卢赫在一旁惊地说不出话来。
吃下一大口后,菜菜嘴角带着饭粒含糊不清地说:“我脑子转不动,我饿了,我缺葡萄糖,我心没你大,我接受不了。”
卢赫看着面前腮帮鼓鼓囊囊的小仓鼠,不忍责怪。但他也没轻易放过她,而是怀着恶趣味幽幽开口:“你知道线粒体夏娃吗?”
对方连连摇头,“我只知道y染色体亚当。”
“差不多是一个意思。在人类精卵细胞融合时,只有卵细胞中的线粒体被保留,因此线粒体基因是母系遗传。线粒体夏娃在进化学中被认为是人类的共同母系祖先,即现在所有人的线粒体基因都来自于她的线粒体。”
“假设,初始种群中有100个女性,或者说是有100个不同的线粒体基因组并且种群数量保持恒定。如果它们在功能上没有差别,不造成其它的自然选择压力,那么理论上在200代之后,最初100个不同线粒体中只有一个就会扩散到整个种群中,其余的全部丢失。这个独一无二的线粒体的主人,就是线粒体夏娃。”
“线粒体基因是十分稳定的,每隔600代才能产生具有种群意义的突变。目前,不同种族之间线粒体基因组的差异仅为0.32%。通过追溯不同人种线粒体dna突变前的原型,线粒体夏娃被锁定为20万年前的非洲人。”
卢赫说完,静静期待着菜菜的反应。可对方只是不以为然地啃了一口饭团,“所以呢?你是想说不论我肤色多白手气多好,都跟你一样是非洲人?”
“你个死脑筋啊。”卢赫点了点自己的太阳穴,“想想,用这儿想想。人类的线粒体都遗传自同一位祖先,海昼天的和普通人的不一样,这意味着什么?”
“意味着他不是非洲人?他在20万年前就和咱们不是一个物种了!”菜菜恍然大悟道。
卢赫欣慰地点了点头,“还有,你知道线粒体是怎样诞生的吗?”
“你不会是想提内共生假说吧?”菜菜停止了咀嚼,用纸巾抹掉了嘴角的蛋黄酱。
“没错,你终于上道了。具有氧化磷酸化功能的古细菌,被早期的真核细胞吞噬后,二者形成共生关系。古细菌被困在真核细胞内,逐渐演化成为了线粒体。”
卢赫又点了点自己的太阳穴,“你品,你细品,是不是细思恐极,还吃得下去吗?”
菜菜放下了吃得只剩一口的饭团,取下头套,揉乱了自己的头发,“我头痒,我可能要长脑子了。你的意思难道是,早在15亿年前,海昼天就和我们不是一个祖先了,他的祖先吞噬了已演化出crispr功能的大细菌,并且把这个功能保留了下来?”
卢赫点了点头,“孺子可教也。但这只是其中一种可能,另外一种可能是:他被编辑过。”
[1]依赖rho因子的的转录终止:rho因子是一种大分子蛋白,可结合在新生的rna链上,借助水解atp获得能量推动自身沿着rna链移动,但移动速度比rna聚合酶慢。当rna聚合酶遇到终止子时便发生暂停,rho因子得以赶上酶。rho因子与rna聚合酶相互作用,使rna、rna聚合酶与自身一起从dna上释放下来,以防占着茅坑不拉屎。
[2]gc区:控制转录起始的频率,基本不参与转录起始位点的确定。
[3]tata区:确定转录起始位点,使转录能够精准地开始与结束。
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